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Yoshiaki Maeda está en una situación difícil. Después de ser acusado de un asesinato que no cometió, es enviado junto a otros jóvenes delincuentes de la región al instituto correccional juvenil Shouran. Yoshiaki no concibe que pueda ocurrirle algo peor que vivir en una prisión dominada por la violencia, hasta que de repente una horda zombie invade las instalaciones y se desata una guerra sin cuartel por la supervivencia. Yuu Kuraishi, guionista de esta historia, nos sorprende con un tratamiento poco usual del género zombie, al condimentar la historia con información sobre cómo se gestaron diversas clases de virus y cómo afectan a la población, creando diferentes especies de zombies.
El instituto Teiko era conocido por contar con el mejor equipo de baloncesto, con cinco miembros apodados "Generación de los Milagros". Pero muchos desconocian la existencia de un sexto jugador de gran importancia para el resto de los de su equipo: Tetsuya Kuroko.Él, recien mudado, decide apuntarse al equipo de baloncesto de su nueva escuela, Seirin. Junto a él, estará Taiga Kagami, un "rookie" que ha vivido en USA y cuenta con un físico impresionante. Juntos se marcan como objetivo llevar a lo más alto al equipo de baloncesto de la escuela Seirin, así como derrotar a todos y cada uno de los miembros de la vieja "Generación de los Milagros" en sus nuevos equipos.